Nejstarší zaznamenaná artikule (norma upravující fungování řemeslných cechů) pochází z roku 1318 a patřila bratrstvu krejčích na Starém městě Pražském. Mezi nejžádanější řemeslníky patřili skláři, kováři, knihaři nebo platnéři.
Už koncem 40. let 19. století řešily rakousko-uherské státní orgány zákonné zakotvení živnostenských a obchodních komor na území monarchie. Jako první vznikla komora ve Vídni a postupně se ustavily komory v jednotlivých regionech říše. V letech 1850 a 1851 vznikají komory také na českém území v Brně, Praze, Českých Budějovicích, Plzni, Chebu nebo Olomouci. Rok 1859 pak přinesl definitivní konec cechovního zřízení a každý, kdo si zakoupil živnostenský list, mohl řemeslo provozovat.
Legislativním základem pro vznik a fungování Komory byl zákon č. 301/1992 o Hospodářské komoře ČR a Agrární komoře ČR. Ustavující sněm proběhl 20. března 1993 v Praze, kde byl prvním prezidentem zvolen Zdeněk Somr.
V roce 1995 Komora zorganizovala více než 20 zahraničních akcí, které pomohly k navázání řady kontaktů mezi českými a zahraničními firmami.
Nově vydávané členské karty podnikatelům usnadňovaly obchodní styky např. s německými nebo rakouskými obchodními partnery.
Komora zřídila povodňové konto na podporu podnikatelů, kteří byli zasaženi červencovými záplavami, podobným způsobem pomáhala i při povodních v roce 2002.
V lednu 1999 zveřejňuje Komora řadu doporučení státu. Požaduje mj. zvýhodněné úvěry pro podnikatele nebo informační a poradenské služby s podporou státu, vytváření podmínek pro projekty inovačního charakteru a také zrychlení zápisů do obchodního rejstříku. Navrhovaným řešením je vyjmutí této agendy z pravomoci soudů a její přenesení na podnikatelskou samosprávu.
Sněm Komory v listopadu 2000 v reakci na nové správní rozdělení ČR a ustanovení 14 krajů vytvořil krajská zastoupení v regionech.
Po více než 50 letech se v tuzemsku poprvé oficiálně objevil pojem mistr řemesla. V Senátu byly slavnostně předány první mistrovské listy a certifikáty s mezinárodní platností. Nový návrh zákona na zavedení mistrovské zkoušky díky iniciativě a odborné součinnosti Komory schvaluje v srpnu 2021 vláda, návrh však nestihne projít schvalovacím procesem v parlamentu. S novou vládou pokračují jednání, aby se mistrovská zkouška co nejdříve stala běžnou praxí.
Zdeňka Somra nahrazuje ve funkci předseda KHK v Liberci Jaromír Drábek. Novými viceprezidenty jsou dosavadní prezident Zdeněk Somr, Jan Wiesner, Josef Cílek, Helena Piskovská a František Holec. Nový prezident Komory za největší překážku rozvoje podnikání označuje stále složitější a nepřehlednější legislativu.
CEBRE založila Komora spolu s dalšími podnikatelskými svazy, aby prezentovala a obhajovala české podnikatelské zájmy před evropskými institucemi a u evropských podnikatelských federací přímo v Bruselu, kde působí ve spolupráci s Velvyslanectvím České republiky v Belgii.
V souvislosti se vstupem ČR do EU rozjela HK ČR 75 regionálních informačních míst pro podnikatele.
Komora se prostřednictvím Národní sítě sektorových rad podílela na vzniku Národní soustavy kvalifikací. Ta se stala nástrojem pro uznávání a ověřování kompetencí a výsledků dalšího vzdělávání. Komora tedy umožňuje složit profesní zkoušku např. v oboru úklidový pracovník, kamnář, kominík, tiskař nebo zlatník.
Za průlom v poskytování veřejných služeb lze označit vznik kontaktních míst CzechPoint, které umožňují podnikatelům i fyzickým osobám jednoduché získání výpisů z veřejných rejstříků. Od konce února 2007 nabízí služby CzechPointu i kanceláře Komory po celé zemi.
Květnový sněm zvolil jako nového prezidenta Petra Kužela. Viceprezidenty byli zvoleni Zdeněk Somr, Jan Wiesner, Pavel Bartoš, Jan Novotný a František Holec. Komora v tomto roce slaví 15 let od svého vzniku a sdružuje na 14 tisíc podnikatelů.
Komora byla v Praze hostitelem konference Eurochambres. Na setkání podnikatelů a zástupců evropských obchodních komor diskutovalo na 400 účastníků ze 45 zemí.
V březnu 2012 udělila Komora první ocenění pro významné osobnosti byznysu, sportu, vědy nebo kultury. Držiteli jsou mj. herec Jiří Bartoška, hokejista Jaromír Jágr, podnikatel Jiří Rückel nebo zpěvačka Lucie Bílá.
Při příležitosti 20. výročí svého založení uděluje Komora ocenění významným osobnostem byznysu, které se zasloužily o rozvoj podnikání nebo Hospodářské komory. Ocenění má tři kategorie – bronzovou, stříbrnou a zlatou a od roku 2013 ji získalo na 500 osobností a firem.
V květnu 2014 se stává novým prezidentem bývalý ministr průmyslu a obchodu Vladimír Dlouhý. Ekonomické priority Komory shrnul v materiálu „Deset kroků na cestě k prosperitě“. Mezi ně patří např. podpora vzdělávání, exportu, snížení administrativní zátěže firem nebo rozvoj dopravní infrastruktury.
Po tlaku Komory vláda zavádí program ekonomické migrace, který je dnes známý pod pojmem Program kvalifikovaný zaměstnanec. Ten zaměstnavatelům pomáhá skrze Komoru nabírat pracovní sílu ze zahraničí.
Právní elektronický systém (PES) umožňuje podnikatelům na jednom místě najít přehled všech povinností, které musejí ze zákona o živnostenském podnikání splnit. Jedná se celkem o 1 200 povinností vyplývajících z 19 základních zákonů.
Ve spolupráci s firmou CzechToll Komora zajistila hladký přechod dopravců na satelitní mýtný systém.
Po 13 letech se vrací čeští zástupci na soutěž technických oborů EuroSkills. V rakouském Grazu Češi reprezentovali v oborech oprav nákladních vozů, malířských prací, chladírenské a klimatizační techniky a obkladačství.
Vláda vyslyšela návrhy podnikatelů a Komory a promítla do svého programového prohlášení velkou část doporučení z publikace „Cesta ke svobodnému podnikání a prosperitě“. Návrhy se týkaly např. trhu práce, daňové problematiky nebo ekonomické diplomacie.
Prezident Vladimír Dlouhý se stává prezidentem evropských obchodních komor Eurochambres. Komora je dnes nejvýznamnějším reprezentantem podnikatelské sféry a respektovaným partnerem pro jednání na všech úrovních. Sdružuje více než 16 tisíc členů.
